Linier Keagamaan merupakan salah satu program keunggulan yang ada di setiap jenjang baik KB/TK, SD, SMP, dan SMA Yayasan Ta’mirul Masjid Agung Kemayoran Surabaya. Program linier keagamaan ini meliputi kegiatan yang dilakukan oleh siswa salah satunya mengaji dengan menggunakan metode Bil Qolam dengan melanjutkan kegiatan mengaji sesuai jilid yang sudah dicapai oleh masing-masing siswa di kelas mengajinya. Pada program ini, siswa dapat melanjutkan tanpa mengulangi kembali dari pencapaian jilid yang diperolehnya hingga di jenjang selanjutnya.